18. yüzyılın sonlarında İngiliz Dilletanti Cemiyeti adına Batı Anadolu'da araştırma gezisini sürdüren Arkeolog R. Chandler, Mimar S. Revett ve Ressam W. Pars ile birlikte bölgedeki antik kentler arasında Nysa'ya da uğramışlardır. 1826 yılında kardeşi Leon de Laborde ile Anadolu'ya gelen Alexander de Laborde Nysa'da da araştırmalar yapmıştır. 1830'lu yıllarda İngiltere'nin İzmir Konsolosu olan F. v. J. Arundell, 1833 yılında İzmir'den başlayarak Batı Anadolu'daki ve Pisidia'daki antik kentleri incelemiş ve bu arada Nysa'ya da uğramıştır. 1835 yılında ünlü Fransız gezgini Ch. Texier de Nysa'ya gelmiştir.

Nysa'da 1990 yılına değin uzun süreli sistematik bir kazı yapılmamıştır. Daha önceleri kısa süreler içerisinde yürütülen topoğrafya ve kazı çalışmalarına ilk olarak Almanlar başlamıştır. Daha önce Bergama'da topoğrafik çizimler yapmış olan Albay Walther v. Diest, 1907 yılının Mart ayında o güne değin yeter derecede bilinmeyen Nysa harabelerini araştırmak için oğlu ile birlikte antik kente gelir ve kentteki yapı kalıntılarını inceler. Harabeyi çok ilginç bulan W. v. Diest, daha sonra 1909 yılında antik kente ikinci gezisini Münich'ten Arkeolog Dr. Heinrich Pringsheim ve harita Yüzbaşısı Konrad Graefinghoff'la birlikte yapar ve bu arada önceden aldıkları izin ile Dr. Pringsheim'ın yönetiminde Agora'da, Bouleuterion'da (ya da Gerontikon'da), Tiyatro'da ve Stadium'da kazılarına başlarlar. Walther v. Diest ve arkadaşlarının 1907 ve 1909 yıllarına ait bu araştırma ve kazılarının sonuçları 1913 yılında Berlin'de yayınlanmıştır. Nysa'da daha sonra 1921 yılında Yunanlıların da kısa süreli bir kazı yaptıkları bilinmektedir. Antik kentin Tiyatrosu ile Bouleuterion'unda 1960'lı yıllarda İzmir Arkeoloji Müzesi Müdürlüğü tarafından kazı çalışmaları yapılmış ve özellikle Bouleuterion'daki dolgu toprak temizlenerek yapı ortaya çıkarılmıştır. Son olarak da 1980'li yıllarda Aydın Müzesi Müdürlüğü'nce antik tiyatronun sahne kısmında kazılar yapılmış ve burada tiyatronun sahnesine ait heykeltraşlık kabartmaları ile süslü çok güzel podyumlar (kaideler) gün ışığına çıkarılmıştır.

Antik çağda büyük bir öneme sahip olan Nysa'da 1990 yılından başlayarak Kültür Bakanlığı, Anıtlar ve Müzeler Genel Müdürlüğü ile Ankara Üniversitesi adına Prof. Dr. Vedat İDİL Başkanlığında arkeolojik kazılar yapılmaktadır ve bu kazılara önümüzdeki yıllarda da devam edilecektir.